Na sequência da assinatura do Pacto para o Desenvolvimento e Coesão Territorial para o Alentejo Central, a CIMAC assumiu, tal como tinha acontecido no âmbito do QREN, a Delegação de Competências pela Autoridade de Gestão do Programa Operacional Regional do Alentejo (Alentejo 2020). Esta Delegação foi formalizada a 15/12/2015 (Adenda ao PDCT-AC), prevendo a continuidade de funções da Estrutura já constituída, tendo agora por objetivo central o apoio à implementação do PDCT-AC nas prioridades de investimento e tipologias de operações previamente identificadas, que respeitam ao PO Alentejo 2020.
A generalidade das funções a assegurar, na qualidade de Organismo Intermédio junto do Programa Operacional Regional do Alentejo, estão centradas na análise de candidaturas (apreciação técnica, condições de seleção, análise de mérito) e acompanhamento da execução física e financeira das operações (contratação, pedidos de pagamento, encerramento, etc.).